Binnen het VUmc wordt elke Parel vanuit een klinische afdeling geleid door een projectleider, die door de coördinator wordt ondersteund. Deze coördinator is voor de uitvoer van de dagelijkse werkzaamheden verantwoordelijk. Voor het verzamelen van de lichaamsmaterialen, klinische en overige gegevens, kent de organisatie binnen het VUmc twee grote infrastructurele onderdelen, namelijk de Biobank en ICT. Deze onderdelen worden eveneens elk door een projectleider gemanaged met een coördinator aan hun zijde.