Het onderzoek van de afdeling pathologie is binnen 4 hoofdlijnen geconcentreerd: oncologie, immunologie, neurologie en aandoeningen van hart en vaten. Het compartiment oncologisch onderzoek is hiervan het grootste.
Al het onderzoek is volledig ingebed in facultaire onderzoekinstituten, te weten het VUmc Institute for Cancer and Immunology (V-ICI), Onderzoekschool Neurowetenschappen Amsterdam Rotterdam (ONWAR ) en het Institute for Cardiovascular Research VU (ICar-VU ).
Een aanzienlijk deel van het onderzoek op de afdeling wordt uitgevoerd in het Vumc Cancer Center Amsterdam (CCA). Het CCA is een academisch kankerexpertisecentrum dat door bundeling van oncologisch onderzoek, in combinatie met een multidisciplinaire aanpak, topzorg en topbehandeling biedt aan patiënten met kanker.
In nationaal verband maakt het onderzoek deel uit van resp. de Onderzoekschool Oncologie Amsterdam (OOA), het Amsterdam Leiden Institute for Immunology (ALIFI), de Onderzoekschool Neurowetenschappen Amsterdam en de Onderzoekschool voor Cardiovasculaire Ziekten Maastricht Amsterdam (CARMA).
De promovendi van de afdeling krijgen in deze onderzoekscholen hun specifieke opleiding. Ook docenten van de afdeling pathologie verzorgen binnen deze onderzoekscholen cursussen.
Let op : De verschillende onderzoekslijnen linken naar de Engelstalige site van de afdeling Pathologie.