De onderzoeksgroep huisartsgeneeskunde vergaart, genereert en verspreidt kennis die relevant is voor patiënten en zorgverleners in de huisartspraktijk en de eerste lijn op het gebied van alledaagse klachten (hoofd dr. D. van der Windt), diabetes mellitus (hoofd prof. dr. G. Nijpels) en geestelijke gezondheidsproblemen (hoofd dr. H. van Marwijk). De focus van het onderzoek is de huisartsgeneeskunde in het algemeen en de populatie van de huisarts in het bijzonder. Het onderzoek is daarom vooral toepassingsgericht. Het wetenschappelijk onderzoek van de afdeling vormt één van de peilers van het EMGO Instituut dat in 2005 door een internationale beoordelingscommissie als excellent werd beoordeeld.