De Micro Array Facility (MAF) van het VU Medisch Centrum / Cancer Center Amsterdam is betrokken bij een breed spectrum van inter- en nationaal onderzoek naar kanker en klinische genetica projecten. Ondanks deze twee belangrijke speerpunten, heeft de faciliteit geen beperking met betrekking tot onderwerp, herkomst van monster of grootte van projecten. Onze dienstverlening is breed en we werken met DNA/RNA isolatie op maat, waaronder ook histochemie, voor aCGH en expressie waarna we ook de uiteindelijke data analyseren. De faciliteit heeft een wereldwijde reputatie voor 'expertise in de verwerking van klinische archiefmateriaal (FFPE) voor microarray CGH'.

Micro Array CGH (DNA)
De Micro Array Faciliteit heeft verschillende platformen waaronder het Agilent platform (o.a. 4x44K, 2x105K, 4x180K, 244K en 2M) evenals het NimbleGen (o.a. 12x135k, 3x720k) en het Affymetrix platform voor array CGH. Voor platform vergelijkingen zie Ylstra et al.. (2006) en Coe et al.. (2007).

Het Agilent en NimbleGen platform is geöptimaliseerd voor geamplificeerde DNA van formaline-gefixeerd en paraffine-ingebed (FFPE) materiaal met een hoge gevoeligheid en resolutie. Het Affymetrix SNP array platform is geöptimaliseerd voor vers ingevroren materiaal en bloedmonsters.

Expression Micro Arrays (RNA)
Het Agilent Expressie platform is bij ons de standaard voor het uitvoeren van een groot scala aan biologische soorten. Onze protocollen werken met een lage RNA concentratie.

Next Gen Sequencing
VUmc MAF heeft de beschikking over een Illumina HiSeq 2000 waarmee een breed scala aan next gen sequencing services kan worden aangeboden. Op dit moment bieden we service aan voor het uitvoeren van whole genome sequencing, whole exome sequencing en small RNA sequencing. Andere applicaties zullen spoedig volgen. Tevens is onlangs de Illumina MiSeq geleverd. Hiermee kunnen diagnostische applicaties op een snelle en effectieve manier worden uitgevoerd.

Please visit our English website for further information: http://www.vumc.com/afdelingen/microarrays