Hieronder valt het onderzoek naar de ontwikkeling van nieuwe therapieën, die ingrijpen op verschillende ziekteprocessen. Het ontwikkelen van meetinstrumenten om de verloop van de ziekte te kunnen meten. En verder ook de klinische studies naar nieuwe medicijnen.
Met behulp van verschillende experimentele modellen, die het ziekteproces nabootsen, kunnen mogelijke aangrijpingspunten voor nieuwe therapieën getest worden. Er zijn in vitro modellen die de processen aan de bloed-hersenbarrière nabootsen en modellen die beschadigingen aan zenuwvezels nabootsen. Daarnaast zijn er ook in vivo modellen in proefdieren.
Het ontwikkelen van een goed meetinstrument, waarmee de ernst van de ziekte en het ziekteverloop gemeten kan worden. Omdat bij MS de klachten per persoon verschillen en in de tijd veranderen, is het moeilijk om patiënten met elkaar te vergelijken. Een goede meetschaal is van belang bij medicijnenonderzoek en bij de behandeling van patiënten. Ook wordt gekeken in hoeverre mensen in de directe omgeving van patiënten (bijvoorbeeld de partner) een beeld kunnen geven van het verloop van de ziekte.
Het MS Centrum Amsterdam is betrokken bij bijna al het onderzoek dat
voorafgaand aan de introductie van nieuwe medicijnen in Nederland. Ook
draagt het bij aan onderzoek naar de werking van verschillende medicijnen.
Zie ook het overzicht van klinische studies.