De taken voor een zorgcentrum worden door de Raad van Bestuur als volgt beschreven:
Het Zorgcentrum Genderdysforie maakt deel uit van het Kenniscentrum Genderdysforie
De genderzorg kan worden onderverdeeld in de zorg aan volwassenen patiënten en de zorg aan kinderen/adolescenten. De genderzorg wordt uitgevoerd binnen een multidisciplinair samenwerkingsverband. De specialismen die betrokken zijn bij de zorgverlening aan volwassenen patiënten zijn ondergebracht in verschillende clusters. In onderstaande tabel zijn de betrokken specialismen ingedeeld per cluster.
| Divisie | Afdeling |
| Divisie I | Endocrinologie |
| Divisie II | Psychiatrie, KNO, mondziekten en kaakchirurgie, plastische chirurgie |
| Divisie III | Medische psychologie, kindergeneeskunde, kinderpsychiatrie, verloskunde en gynaecologie |
| Divisie IV | Urologie |
| Plastische chirurgie |
Bij de hulpverlening van het Zorgcentrum Genderdysforie aan genderdysfore patiënten, wordt uitgegaan van diagnostiek en behandelprotocollen; deze zijn in belangrijke mate gebaseerd op internationale richtlijnen ("Standards of Care" van de World Professional Association of transgender Heatlh")
Ten behoeve van communicatie en afstemming in de patiëntenzorg is een aantal gremia ingericht, te weten het Genderteamoverleg, het Kinder- en Adolescentenoverleg het Psygeoverleg en het Genderchirurgie-overleg. Tijdens deze overleggen worden patiënten besproken met betrekking tot de (verschillende fases van de) geslachtsaanpassende behandeling, en worden genomen beslissingen in het medisch dossier vastgelegd.Ook bestuur, werkplekmanagement en de Interne Adviesraad komen regelmatig samen.
Voor de organisatie van de patiëntenzorg aan volwassenen is een polikliniek ingericht. De poliklinische zorg voor kinderen/adolescenten vindt momenteel plaats binnen de afdeling kindergeneeskunde, maar wordt voornamelijk georganiseerd door het secretariaat medische psychologie.
Bestuur Kennis- en Zorgcentrum voor Genderdysforie
M.A.A. van Trotsenburg - directeur
P.T. Cohen-Kettenis - algemeen directeur KCG-VUmc
L. de Haan - zorgmanager
J.C. Klarenbeek - manager bedrijfsvoering
Polikliniek ZCG, werkplekmanagement
J. Megens - coördinator ZCG
Interne Adviesraad
M.A.A. van Trotsenburg
P.T. Cohen-Kettenis
L. de Haan
J.C. Klarenbeek
C.R. Leemans (KNO)
I. van der Waal (mondziekten en kaakchirurgie)
M.J.P.F. Ritt (plastische chirurgie)
H.P. van Geijn (verloskunde en gynaecologie)
B.L.H. Bemelmans (urologie)
A. Beekman (psychiatrie)
Afgevaardigde namens medische psychologie
Zorgmanagers en managers bedrijfsvoering van Divisie I, II, en IV
Manager CTO (Clinical Trial Office)