Het eerste gedeelte van de behandeling bestaat uit een serie gesprekken van de patiënt met psychologen en tests en onderzoeken bij de patiënt door psychologen. De duur van het eerste gedeelte van de behandeling is afhankelijk van de duidelijkheid van de problematiek en van de hoeveelheid andere onderwerpen die besproken en onderzocht moeten worden. De uitgebreide onderzoeken zijn nodig om de kans op spijt achteraf zo klein mogelijk te maken. Na het eerste gedeelte van de behandeling volgt de real-life fase. Deze fase duurt voor mannen achttien maanden en voor vrouwen twaalf maanden, en houdt in dat men gedurende die periode leeft in de gewenste rol, zonder dat daar een operatie aan pas is gekomen. Wel is er sprake van een hormoonbehandeling.
Wanneer de patiënt goed door de real-life fase heengekomen is, volgen de geslachtsaanpassende operaties. Tussen verschillende operaties is hersteltijd ingebouwd, zodat patiënt en diens lichaam kunnen herstellen van de vorige operatie en kunnen voorbereiden op de volgende operatie.
Vanaf het eerste gesprek duurt het proces ongeveer twee tot drie jaar. Er moet helaas wel rekening gehouden worden met wachtlijsten.