Dagenlang wachten op uitslag bacteriekweek niet meer nodig
Een nieuwe techniek is in staat om razendsnel vast te stellen van welke bacterie een patiënt last heeft. Waar een diagnose met behulp van een bacteriekweek dagen op zich laat wachten, kan dat nu worden teruggebracht tot vijf uur. Vrijdag 4 november promoveert medisch microbioloog Dries Budding op deze vinding bij VUmc.
Jarenlang werkte medisch microbioloog Dries Budding met zijn collega Paul Savelkoul aan een nieuwe methode om bacteriën te detecteren, waardoor kweek niet meer nodig is: de IS-pro techniek. Deze techniek zoekt naar een specifiek stukje DNA van bacteriën dat in alle bacteriën aanwezig is en waarvan de lengte specifiek is voor de bacteriesoort. Om het onderscheid tussen verschillende bacteriën nog makkelijker te maken, voegden de onderzoekers fluorescente kleurstoffen toe die het DNA van verschillende bacteriefamilies ieder een eigen kleur geven. Deze techniek kan bijna alle bekende bacteriën binnen vijf uur aantonen en identificeren. Er leven zo’n duizend tot 1.500 verschillende soorten op het menselijk lichaam.
Budding: “Bacteriële kweek heeft het vakgebied medische microbiologie ontzettend ver gebracht, maar kent ook z´n beperkingen: het duurt lang om bacteriën op te kweken, zodat een diagnose vaak dagen duurt. Verder laten veel bacteriesoorten zich niet makkelijk kweken en worden zij dus systematisch over het hoofd gezien door kweektechnieken. Deze lastig kweekbare bacteriën blijken uit recent onderzoek zelfs de meerderheid te vormen in- en op ons lichaam.”
Meer toepassingen
De IS-pro techniek is niet alleen handig om snel ziekmakende bacteriën op te sporen, maar kan ook afwezigheid of disbalans in normale lichaamseigen bacteriën aantonen. Dit helpt bij de diagnoses van ziekten die niet zozeer een infectieziekte zijn, maar wel te maken hebben met de balans in lichaamseigen bacteriën. Voorbeeld daarvan is de ziekte van Crohn. IS-pro kan ook nieuwe, tot nu toe onbekende bacteriën identificeren. Bovendien blijkt de techniek op basis van DNA ook te gebruiken voor niet-klinische doeleinden zoals bij de monitoring van waterzuivering. Welke bacteriën bevat het gezuiverde water?
Budding en zijn collega’s hebben een gecertificeerde testkit ontwikkeld. Momenteel zijn er proeven gaande in andere laboratoria dan die van VUmc om eventuele kinderziekten eruit te halen. ‘Daarna ligt de weg vrij voor een kweekloze diagnose’, aldus Budding. Gaat het kweekje dan helemaal verdwijnen? ‘Vooralsnog is het niet mogelijk om zonder kweek te zien hoe nieuwe bacteriën reageren op antibiotica. Van de meeste bacteriën weten we dat al, en dan is identificatie met IS-pro techniek voldoende.’
Bekijk hier een animatie over de IS-pro techniek.
Promovendus: A.E. Budding
Titel proefschrift: Culture free microbiology. Eubacterial molecular diagnostics with IS-pro
Promotoren: prof.dr. P.H.M. Savelkoul, prof.dr. C.M.J.E. Vandenbroucke-Grauls
Copromotor: dr. A.A. van Bodegraven
Proefschrift:VU-DARE